Para digitar que o pagamento foi feito existe uma tela que permite cadastrar as informações de baixa de lançamentos de uma data de vencimento específica

Você vai acessar a seguinte tela:
Financeiro/Contas a Pagar/Baixa

Digite:
1. A data de vencimento do título
2. O Banco
3. A data de pagamento
4. A operação
5. O número do Documento
6. O Valor pago